Aunque el sistema operativo es muy importante y útil, también tiene algunas desventajas o limitaciones que es bueno conocer. Estas pueden variar según el tipo de sistema operativo y el uso que se le dé.
1. Costo
2. Incompatibilidad de programas
3. Requiere recursos del hardware
4. Riesgos de seguridad
5. Complejidad de uso o aprendizaje
6. Necesidad de actualizaciones
7. Dependencia del sistema
8. Limitaciones de personalización
9. Problemas de compatibilidad con hardware